水質自動監測站的監測項目包括水溫、pH、溶解氧（DO）、電導率、濁度、高錳酸鹽指數、總有機碳（TOC）、氨氮，湖泊水質。自動監測站的監測項目還包括總氮和總磷。以后將選擇部分點位進行揮發性有機物（VOCs）、生物毒性及葉綠素a試點工作。 水質自動監測站的監測頻次一般采用每4小時采樣分析一次。每天各監測項目可以得到6個監測結果，可根據管理需要提高監測頻次。監測數據通過公外網VPN方式傳送到各水質自動站的托管站、省級監測中心站及中國環境監測總站。 每個水站的監測頻次為每4小時一次，按0:00、4:00、8:00、12:00、16:00 20:00、24:00整點啟動監測，發布數據為最近一次監測值。 每個水站發布的監測項目為pH、溶解氧（DO）、總有機碳（TOC）或高錳酸鹽指數（CODMn）及氨氮（NH3-N）共5項。執行《地表水環境質量標準》（GB3838—2002）中相應標準，對每個監測項目的結果給出相應的水質類別。總有機碳（TOC）目前沒有評價標準。 為使水質狀況表達容易理解，按水質類別將水質狀況分為優（I、II類水質）、良（III類水質）、輕度污染（IV類水質）、中度污染（V類水質）及重度污染（劣V類水質）。
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